À la fin du XXXème siècle, l'humanité, qui a perdu la grande guerre spatiale, est sous le joug des humanoïdes. Le capitaine Albator a fui la Terre à la tête de son équipage pour mener sa propre croisade contre cette domination. Le Gouvernement Galactique mandate Warius Zero, alias le "Cosmowarrior", commandant de la flotte terrienne, pour le traquer et l'éliminer. S'engage alors une course poursuite mortelle entre les deux hommes...