När den övergivna besättningen på Serenity går med på att gömma en flykting på deras skepp, hamnar de i en actionfylld strid mellan den obevekliga militära makten hos en totalitär regim som kommer att förstöra vad som helst – eller vem som helst – för att få tillbaka flickan och de blodtörstiga varelserna som strövar omkring i rymdens okända områden. Men... den största faran av alla kan vara på deras skepp.