Η τελευταία ταινία της τριλογίας, X-Men : The Last Stand, βρίσκει μια θεραπεία για τους μεταλλαγμένους ήρωες. Ο γιατρός Hank McCoy ή αλλιώς Beast (Kelsey Grammer) φτιάχνει το φάρμακο κατά της μετάλλαξης βάζοντας έτσι δίλημμα στους ‘mutants’ να διατηρήσουν την μοναδικότητά τους ή να απαρνηθούν για πάντα τις δυνάμεις τους. Οι μεταλλαγμένοι χωρίζονται σε δύο στρατόπεδα, το ένα με αρχηγό τον Charles Xavier υπερασπίζει την επιείκεια στις προσωπικές επιλογές και το άλλο με αρχηγό τον Magneto κηρύττει την επιβίωση των καλύτερων. Οι αντίθετες πλευρές θα ξεκινήσουν ένα πόλεμο που θα είναι καθοριστικός για όλους.