In „Capsule Monsters“ geraten Yugi, Joey, Tea, Tristan und Yugis Großvater durch mysteriöse Umstände in eine Welt, in der die Monster aus dem Kartenspiel real sind. Dort finden sie Monsterkapseln, welche sie nutzen können, um Kreaturen zu beschwören. Es stellt sich jedoch schnell heraus, dass unsere Helden während eines Duells die Schmerzen ihrer eigenen Monster spüren. Werden Yugi und seine Freunde einen Weg aus dieser Albtraumwelt finden und was steckt hinter alledem?